Музей расположен на Музейном острове в немецкой столице и на сегодняшний день принадлежит государству. Его официальное название «Египетский музей и собрание папирусов». Здание возвели с 1841 по 1855 годы по проекту архитектора Фридриха Августа Штюпера. Начало музею было положено экспонатами египетского отдела коллекции короля Фридриха Вильгельма III Прусского. Позже коллекцию пополнили находками из археологических экспедиций, проведенных в 1842-1845 годах, которые возглавлял Карл Рихард Лепсиус.
Прусские коронованные особы, а затем и кайзеры Германии спонсировали и поощряли археологические экспедиции. В Египетском Берлинском музее расположено самое большое в мире собрание предметов культуры Древнего Египта: ворота храмов Халаби, бюсты известного фараона Эхнатона и его, известной всему миру, жены Нефертити, древнейшие и хорошо сохранившиеся мумии, редкие папирусы, погребальные маски, рельефы из древнейших гробниц фараонов, Книга Мёртвых, «Берлинская зелёная голова», манускрипты ранних христиан, двор храма Сахуры, интересный портрет царицы Тейе.
Коллекция музея насчитывает более 2 тысяч экспонатов и даже превосходит численностью египетский музей в Каире. Самые древние экспонаты датируются возрастом более пяти тысяч лет. Один из самых выдающихся экспонатов считается бюст египетской царицы Нефертити. Он был создан в 1360 году до н.э. и обнаружен археологом из Германии Людвигом Борхардом в 1912 году в месте Эль-Амарна в древней мастерской неизвестного скульптора. Немецкие археологи решили тайно вывезти уникальную скульптуру из Египта. Для ввода в заблуждение египетских властей бюст облепили гипсом и убедили египтян, что скульптура особой ценности не имеет. А в 1920 году Джеймс Саймон, оплативший эту экспедицию, подарил бюст египетскому музею Берлина.
На момент окончания Второй Мировой войны коллекция была разделена на части, а воссоединение её произошло после объединения Германского государства. Ежегодно музей посещают больше полумиллиона туристов и любителей истории Египта.